- Picoquant Young Investigator Award 2022 der Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie für Johannes Broichhagen
- ORCHEM Award for Young Scientists 2022 für Johannes Broichhagen
- Leibniz-Gründungspreis 2022 für ProSion (Gemeinsame Ausgründung des Ronald Kühne Labors des FMP und des Hans-Günther Schmalz Labors der Universität zu Köln)
- Breakthrough of the Year 2020 der Falling Walls Foundation in der Kategorie Life Science für Christian Hackenberger
- Feldberg Prize 2020 der Feldberg Foundation für Volker Haucke
- Wissenschaftspreis 2018: Gesellschaft braucht Wissenschaft des Stifterverbands fürThomas Jentsch
- Leonidas Zervas Award 2018 der European Peptide Society für Christian Hackenberger
- Leibniz-Gründungspreis 2018 für Tubulis Technologies (Christian Hackenberger, Gemeinsame Ausgründung des FMP und der Ludwig-Maximilians University Munich)
- Avanti Award in Lipids 2017 der American Society for Biochemistry and Molecular Biology (ASBMB) für Volker Haucke