Forschungseinheit

Fan Liu

Structural Interactomics

Fan Liu

Unsere Gruppe ist an der Entwicklung und Anwendung von Instrumenten zur Charakterisierung der Komplexität von Proteininteraktionen in der Zelle interessiert. Mit Hilfe modernster massenspektrometrischer Technologien, insbesondere der Cross-Linking-Massenspektrometrie (XL-MS), wollen wir die Protein-Interaktome komplexer biologischer Systeme erfassen.


Wechselwirkungen von Proteinen besser verstehen

Eiweiße sind an nahezu jedem Prozess in der lebenden Zelle beteiligt. Um diese Fülle von Aufgaben präzise auszuführen, schließen sich die Eiweiße zu zahlreichen organisierten Komplexen zusammen und bilden so zum Beispiel gut regulierte Signalwege und weitreichende Protein-Interaktionsnetzwerke. Veränderungen oder Störungen dieser ausbalancierten Systeme haben Auswirkungen auf eine Vielzahl verschiedener physiologischer und pathologischer Zustände. Unsere Arbeitsgruppe forscht an der Entwicklung und Anwendung von Technologien, die es ermöglichen, die Komplexität dieser Proteinwechselwirkungen in der Zelle besser zu verstehen. Mithilfe modernster massenspektrometrischer Technologien, insbesondere der quervernetzenden Massenspektrometrie („Crosslinking-MS“), wollen wir die Wechselwirkungen von Proteinen in komplexen biologischen Systemen besser verstehen. Diese Untersuchungen bieten hervorragende Möglichkeiten, um die grundlegenden Prinzipien der Organisation von Proteinen aufzuklären und bisher nicht bekannte Proteinwechselwirkungen in der gesunden Zelle und bei Krankheiten aufzudecken.

 

Überblick

Proteine sind die primären Wirkstoffe der Zellen. Sie sind hochgradig organisiert und bilden die Grundlage gut regulierter Netzwerke zur präzisen Ausführung einer Vielzahl von zellulären Prozessen. Veränderungen in der Expression von Proteinen und ihren Interaktionsnetzwerken sind mit vielen physiologischen und pathologischen Zuständen verbunden. Unser Hauptinteresse gilt der Entwicklung und Anwendung massenspektrometrie basierter Ansätze zum Verständnis der räumlichen Organisation und dynamischen Regulierung von Proteinkomplexen in Raum und Zeit während zellulärer Prozesse wie Signalübertragung und Differenzierung.

Publikationen

Kontakt

Prof. Dr. Fan Liu

Leitung, Fan Liu (SI) Gruppe,
Leitung Mass Spectrometry


Forschungsbereich

Strukturbiologie

Zusammenarbeit

Theliulab


Publikationen via ORCID

Molecular architecture of synaptic vesicles

  • Uljana Kravcenko; Max Ruwolt; Jana Kroll; Artsemi Yushkevich; Martina Zenkner; Julia Ruta; Rowaa Lotfy; Erich Wanker; Christian Rosenmund; Fan Liu; Misha Kudryashev

Proceedings of the National Academy of Sciences 2024

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Redesigning error control in cross-linking mass spectrometry enables more robust and sensitive protein-protein interaction studies

  • Boris Bogdanow; Max Ruwolt; Julia Ruta; Lars Mühlberg; Cong Wang; Wen-feng Zeng; Arne Elofsson; Fan Liu

Molecular Systems Biology 2024

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Proteome-scale recombinant standards and a robust high-speed search engine to advance cross-linking MS-based interactomics

  • Milan Avila Clasen; Max Ruwolt; Cong Wang; Julia Ruta; Boris Bogdanow; Louise U. Kurt; Zehong Zhang; Shuai Wang; Fabio C. Gozzo; Tao Chen; Paulo Carvalho; Diogo Borges Lima; Fan Liu

Nature Methods 2024

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The nuclear GYF protein CD2BP2/U5–52K is required for T cell homeostasis

  • Miriam Bertazzon; Almudena Hurtado-Pico; Carlos Plaza-Sirvent; Marc Schuster; Marco Preußner; Benno Kuropka; Fan Liu; Andor Zenon Amandus Kirsten; Xiao Jakob Schmitt; Benjamin König; Miguel Álvaro-Benito; Esam T. Abualrous; Gesa I. Albert; Stefanie Kliche; Florian Heyd; Ingo Schmitz; Christian Freund

Frontiers in Immunology 2024

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Extensive protein pyrophosphorylation revealed in human cell lines

  • Jeremy Morgan; Arpita Singh; Leonie Kurz; Michal Nadler-Holly; Max Ruwolt; Shubhra Ganguli; Sheenam Sharma; Martin Penkert; Eberhard Krause; Fan Liu; Rashna Bhandari; Dorothea Fiedler

Nature Chemical Biology 2024

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RawVegetable 2.0: Refining XL-MS Data Acquisition through Enhanced Quality Control

  • Louise Ulrich Kurt; Milan Avila Clasen; Ísis Venturi Biembengut; Max Ruwolt; Fan Liu; Fabio Gozzo; Diogo Borges Lima; Paulo Carvalho

Journal of Proteome Research 2024

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Yeast TLDc domain proteins regulate assembly state and subcellular localization of the V-ATPase

  • Samira Klössel; Ying Zhu; Lucia Amado; Daniel D Bisinski; Julia Ruta; Fan Liu; Ayelén González Montoro

The EMBO Journal 2024

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Cross-link assisted spatial proteomics to map sub-organelle proteomes and membrane protein topologies

  • Ying Zhu; Kerem C. Akkaya; Julia Ruta; Nanako Yokoyama; Cong Wang; Max Ruwolt; Diogo Borges Lima; Martin Lehmann; Fan Liu

Nature Communications 2024

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An extended interaction site determines binding between AP180 and AP2 in clathrin mediated endocytosis

  • Samuel Naudi-Fabra; Carlos A. Elena-Real; Ida Marie Vedel; Maud Tengo; Kathrin Motzny; Pin-Lian Jiang; Peter Schmieder; Fan Liu; Sigrid Milles

Nature Communications 2024

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von 9

PROTEOME-SCALE RECOMBINANT STANDARDS AND A ROBUST HIGH-SPEED SEARCH ENGINE TO ADVANCE CROSS-LINKING MS-BASED INTERACTOMICS

  • Milan Avila Clasen; Max Ruwolt; Louise U. Kurt; Fabio C Gozzo; Shuai Wang; Tao Chen; Paulo C Carvalho; Diogo Borges Lima; Fan Liu
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Real-Time Library Search Increases Cross-Link Identification Depth across All Levels of Sample Complexity

  • Max Ruwolt; Yi He; Diogo Borges Lima; William Barshop; Johannes Broichhagen; Romain Huguet; Rosa Viner; Fan Liu

Analytical Chemistry 2023

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The potential of cross-linking mass spectrometry in the development of protein–protein interaction modulators

  • Max Ruwolt; Ilaria Piazza; Fan Liu

Current Opinion in Structural Biology 2023

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An antagonism between Spinophilin and Syd-1 operates upstream of memory-promoting presynaptic long-term plasticity

  • Niraja Ramesh; Marc Escher; Oriane Turrel; Janine Lützkendorf; Tanja Matkovic; Fan Liu; Stephan Sigrist

eLife 2023

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CaMKII autophosphorylation can occur between holoenzymes without subunit exchange

  • Iva Lučić; Léonie Héluin; Pin-Lian Jiang; Alejandro G Castro Scalise; Cong Wang; Andreas Franz; Florian Heyd; Markus Wahl; Fan Liu; Andrew Plested

eLife 2023

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Spatially resolved protein map of intact human cytomegalovirus virions

  • Boris Bogdanow; Iris Gruska; Lars Mühlberg; Jonas Protze; Svea Hohensee; Barbara Vetter; Jens B. Bosse; Martin Lehmann; Mohsen Sadeghi; Lüder Wiebusch; Fan Liu

Nature Microbiology 2023

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Structural Host-Virus Interactome Profiling of Intact Infected Cells

  • Boris Bogdanow; Lars Mühlberg; Iris Gruska; Barbara Vetter; Julia Ruta; Arne Elofsson; Lüder Wiebusch; Fan Liu
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von 7
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Positionalphabetisch