Technologieplattform

Fan Liu (Mass Spectrometry)

Massenspektrometrie

Fan Liu

Die Anlage für Massenspektrometrie verfügt über eine hochmoderne Infrastruktur für die Charakterisierung von Proteinen. Dazu gehören High-End-MS-Technologien für die Identifizierung und Quantifizierung von Proteinen sowie für posttranslationale Modifikationen und Interaktionsanalysen. Lab website: https://www.theliulab.com/


Profil

PROTEOMIK UND MASSENSPEKTROMETRIE
Proteine sind funktionelle Eckpfeiler der Zelle und Veränderungen der Proteinexpression, der posttranslationalen Modifikation (PTM), der Struktur und der Interaktionen sind mit jedem physiologischen und pathologischen Prozess verbunden. Ziel der MS-Facility ist es, modernste MS-Technologien für die Charakterisierung von Proteinen unter allen oben genannten Aspekten bereitzustellen.
Wir verfügen über eine Reihe hochmoderner Massenspektrometer, darunter Exploris 480, Orbitrap Astral, Orbitrap Fusion Lumos ETD und Orbitrap Fusion ETD (Thermo Fisher Scientific), die mit Ultra-Performance Liquid Chromatography (UPLC)-Systemen gekoppelt sind.
Darüber hinaus verfügen wir über ein eigenständiges Hochleistungsflüssigkeitschromatographiesystem (HPLC) für die Peptidtrennung und sind in fortschrittlichen Probenvorbereitungsverfahren geschult, um unseren Kooperationspartnern und Mitarbeitern zuverlässige und reproduzierbare Ergebnisse zu liefern.

Service

Die MS-Facility bietet eine breite Palette von Dienstleistungen im Zusammenhang mit der Charakterisierung von Proteinen. Dazu gehören unter anderem:

  • Proteinidentifizierung aus Gelen oder in Lösung.
  • MS-Affinitätsreinigung zur Identifizierung von Proteininteraktionspartnern.
  • globale Proteomquantifizierung unter Verwendung etablierter quantitativer Proteomik-Ansätze, einschließlich markierungsfreier, SILAC- und TMT-Strategien.
  • Analyse der posttranslationalen Modifikation (PTM) von Proteinen.
  • Erstellung von Proteinstruktur- und Interaktionsprofilen durch Vernetzungsmassenspektrometrie.
  • Protein- und Peptidtrennung durch Flüssigchromatographie, einschließlich Reversed-Phase Chromatographie, Größenausschlusschromatographie und Ionenaustauschchromatographie.

Sample Submission

Erstnutzer: Bitte kontaktieren Sie uns, um Ihr Projekt zu besprechen.

Regelmäßige Nutzer: Bitte füllen Sie das Formular sample submission form aus, um Ihre Proben zu übergeben.

Methodenentwicklung

Neben den Routinedienstleistungen ist die MS-Facility auch aktiv an der Entwicklung von Methoden beteiligt, die auf spezifische Kooperationsprojekte zugeschnitten sind. Unsere jüngsten Forschungen konzentrieren sich auf 1) die Etablierung einer proteomweiten Vernetzungs-Massenspektrometrie-Pipeline (in Zusammenarbeit mit Thermo Fisher Scientific) und 2) die Entwicklung neuartiger Datenerfassungsstrategien für labile posttranslationale Proteinmodifikationen, insbesondere die Pyrophosphorylierung (in Zusammenarbeit mit Prof. Dorothea Fiedler) sowie die Cys-, Lys- und His-Phosphorylierung (in Zusammenarbeit mit Prof. Christian Hackenberger). Weitere Einzelheiten entnehmen Sie bitte unseren Veröffentlichungen.

Kontakt

Prof. Dr. Fan Liu

Leitung, Fan Liu (SI) Gruppe,
Leitung Mass Spectrometry


Forschungsbereich

Strukturbiologie

Publikationen via ORCID

An extended interaction site determines binding between AP180 and AP2 in clathrin mediated endocytosis

  • Samuel Naudi-Fabra; Carlos A. Elena-Real; Ida Marie Vedel; Maud Tengo; Kathrin Motzny; Pin-Lian Jiang; Peter Schmieder; Fan Liu; Sigrid Milles

Nature Communications 2024

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Extensive protein pyrophosphorylation revealed in human cell lines

  • Jeremy Morgan; Arpita Singh; Leonie Kurz; Michal Nadler-Holly; Max Ruwolt; Shubhra Ganguli; Sheenam Sharma; Martin Penkert; Eberhard Krause; Fan Liu; Rashna Bhandari; Dorothea Fiedler

Nature Chemical Biology 2024

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RawVegetable 2.0: Refining XL-MS Data Acquisition through Enhanced Quality Control

  • Louise Ulrich Kurt; Milan Avila Clasen; Ísis Venturi Biembengut; Max Ruwolt; Fan Liu; Fabio Gozzo; Diogo Borges Lima; Paulo Carvalho

Journal of Proteome Research 2024

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Yeast TLDc domain proteins regulate assembly state and subcellular localization of the V-ATPase

  • Samira Klössel; Ying Zhu; Lucia Amado; Daniel D Bisinski; Julia Ruta; Fan Liu; Ayelén González Montoro

The EMBO Journal 2024

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Cross-link assisted spatial proteomics to map sub-organelle proteomes and membrane protein topologies

  • Ying Zhu; Kerem C. Akkaya; Julia Ruta; Nanako Yokoyama; Cong Wang; Max Ruwolt; Diogo Borges Lima; Martin Lehmann; Fan Liu

Nature Communications 2024

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Molecular architecture of synaptic vesicles

  • Uljana Kravcenko; Max Ruwolt; Jana Kroll; Artsemi Yushkevich; Martina Zenkner; Julia Ruta; Rowaa Lotfy; Erich Wanker; Christian Rosenmund; Fan Liu; Misha Kudryashev

Proceedings of the National Academy of Sciences 2024

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Redesigning error control in cross-linking mass spectrometry enables more robust and sensitive protein-protein interaction studies

  • Boris Bogdanow; Max Ruwolt; Julia Ruta; Lars Mühlberg; Cong Wang; Wen-feng Zeng; Arne Elofsson; Fan Liu

Molecular Systems Biology 2024

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Proteome-scale recombinant standards and a robust high-speed search engine to advance cross-linking MS-based interactomics

  • Milan Avila Clasen; Max Ruwolt; Cong Wang; Julia Ruta; Boris Bogdanow; Louise U. Kurt; Zehong Zhang; Shuai Wang; Fabio C. Gozzo; Tao Chen; Paulo Carvalho; Diogo Borges Lima; Fan Liu

Nature Methods 2024

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The nuclear GYF protein CD2BP2/U5–52K is required for T cell homeostasis

  • Miriam Bertazzon; Almudena Hurtado-Pico; Carlos Plaza-Sirvent; Marc Schuster; Marco Preußner; Benno Kuropka; Fan Liu; Andor Zenon Amandus Kirsten; Xiao Jakob Schmitt; Benjamin König; Miguel Álvaro-Benito; Esam T. Abualrous; Gesa I. Albert; Stefanie Kliche; Florian Heyd; Ingo Schmitz; Christian Freund

Frontiers in Immunology 2024

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von 9

PROTEOME-SCALE RECOMBINANT STANDARDS AND A ROBUST HIGH-SPEED SEARCH ENGINE TO ADVANCE CROSS-LINKING MS-BASED INTERACTOMICS

  • Milan Avila Clasen; Max Ruwolt; Louise U. Kurt; Fabio C Gozzo; Shuai Wang; Tao Chen; Paulo C Carvalho; Diogo Borges Lima; Fan Liu
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Real-Time Library Search Increases Cross-Link Identification Depth across All Levels of Sample Complexity

  • Max Ruwolt; Yi He; Diogo Borges Lima; William Barshop; Johannes Broichhagen; Romain Huguet; Rosa Viner; Fan Liu

Analytical Chemistry 2023

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The potential of cross-linking mass spectrometry in the development of protein–protein interaction modulators

  • Max Ruwolt; Ilaria Piazza; Fan Liu

Current Opinion in Structural Biology 2023

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An antagonism between Spinophilin and Syd-1 operates upstream of memory-promoting presynaptic long-term plasticity

  • Niraja Ramesh; Marc Escher; Oriane Turrel; Janine Lützkendorf; Tanja Matkovic; Fan Liu; Stephan Sigrist

eLife 2023

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CaMKII autophosphorylation can occur between holoenzymes without subunit exchange

  • Iva Lučić; Léonie Héluin; Pin-Lian Jiang; Alejandro G Castro Scalise; Cong Wang; Andreas Franz; Florian Heyd; Markus Wahl; Fan Liu; Andrew Plested

eLife 2023

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Spatially resolved protein map of intact human cytomegalovirus virions

  • Boris Bogdanow; Iris Gruska; Lars Mühlberg; Jonas Protze; Svea Hohensee; Barbara Vetter; Jens B. Bosse; Martin Lehmann; Mohsen Sadeghi; Lüder Wiebusch; Fan Liu

Nature Microbiology 2023

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Structural Host-Virus Interactome Profiling of Intact Infected Cells

  • Boris Bogdanow; Lars Mühlberg; Iris Gruska; Barbara Vetter; Julia Ruta; Arne Elofsson; Lüder Wiebusch; Fan Liu
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